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技术资料

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高通量测序常用数据库

 核酸数据库

GenBank:美国国家生物技术情报中心(NCBI,National Center for Biotechnology Information)基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库,世界两大核酸数据库之一。

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

 

EMBL Database欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory )核酸序列数据库,为欧洲最主要的核酸序列数据库,世界两大核酸数据库之一。

网址:http://www.ebi.ac.uk/ena

DDBJDNA database of Japan (Mishima),位于日本的核酸序列数据库,为亚洲主要的核酸序列数据库。

网址:http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html.en

HIV DatabaseHIV序列数据库。

网址:https://www.hiv.lanl.gov/content/index

IMGT:ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。

网址:http://www.imgt.org/

dbEST:序列表达标记数据库(Expressed Sequences Tags)。

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html

5S rRNA:5S rRNA 数据库。

网址:http://biobases.ibch.poznan.pl/5SData/

EPD:真核启动子数据库(Eukaryotic Promoter database)

网址:http://epd.vital-it.ch/

 

蛋白数据库

SWISS-PROT:蛋白序列数据库,由日内瓦大学医学生物化学系与EMBL(欧洲分子生物学实验室)共同维护,是欧洲最主要的蛋白序列数据库,世界两大蛋白序列数据库之一。

网址:http://www.ebi.ac.uk/uniprot

PIR:PIR(Protein Information Resource)蛋白信息数据库,由美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation)维护,是美国最主要的蛋白序列数据库,为世界两大蛋白序列数据库之一。

网址:http://pir.georgetown.edu/pirwww/

PDB:Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。

网址:http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

PROSITE:蛋白特征序列字典。

网址:http://prosite.expasy.org/

 

Pfam:蛋白质家族结构域数据库

网址:http://pfam.xfam.org/

 

ENZYME:蛋白酶数据库。

网址:http://enzyme.expasy.org/

 

REBASE:限制酶数据库。

网址:http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

 

HSSP:同类二级结构蛋白(Homology-derived secondary structure of proteins )数据库。

网址:http://swift.cmbi.kun.nl/swift/hssp/

 

BLOCKS:蛋白序列块数据库(Protein Blocks Database)。

网址:http://blocks.fhcrc.org/

 

InterPro:蛋白家族数据库Protein Family Database数据库。

网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/

 

TMBASE:跨膜蛋白数据库,包括一些预测工具。

网址:http://www.ch.embnet.org/software/tmbase/TMBASE doc.html


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